השר יריב לוין הודיע לנציב שירות המדינה, דניאל הרשקוביץ, כי הוא מבקש להעביר מתפקידו את מנכ"ל הרבנות הראשית, יהודה כהן. ברקע הדברים גילויים קשים לגבי תפקודו של כהן, כפי שחשפנו לפני כמה חודשים בעיתון 'בשבע'.
בטורו בעיתון 'בשבע' חשף כתבנו, יוני רוטנברג, התנהלות לא תקינה לכאורה של כהן, שאף הובילה למשבר אמון חריף בין המנכ"ל לבין הרבנים הראשיים לישראל. בעתירה שהגיש לפני כשנה ארגון 'לביא' לבג"ץ נטען כי כהן לא מינה מחליפים לראש אגף הכשרות הארצית, ראש אגף שחיטת חו"ל ומנהל מחלקת הייבוא במשך יותר משנתיים, חתם על תעודות כשרות לבשר מיובא ללא סמכות, סיים את העסקת התובע על פי חוק הונאה בכשרות ומנע מינוי של תובע חדש, פגע בפיקוח על שחיטת חו"ל ועל משגיחי כשרות בארץ באמצעות צמצום זמני הפיקוח וכוח האדם, ועוד. כפי שחשף רוטנברג בכתבתו, מאז הלכה והחריפה התנהלותו של כהן, בניגוד לכללי המינהל התקין והוראותיהם המפורשות של הרבנים הראשיים.
על פי הנאמר, כהן החליט על דעת עצמו שלא להעביר את החלטת הרבנות הראשית למפעל שחיטה באורוגוואי שהתגלו בו ליקויי כשרות, למרות שהרבנים הראשיים החליטו להפסיק את הסנקציות כלפיו ולהשיב לו את תעודת הכשרות. בכך נגרם למפעל נזק כבד, שחשף את הרבנות הראשית ואת המדינה לתביעת ענק.
בנוסף, כהן טרפד בדיקה מקיפה שערך מנהל אגף ההונאה בכשרות ברבנות הראשית, רפי יוחאי, לגבי פרשה חמורה של השתלטות על מערך הכשרות של הרבנות בצפון והענקת תעודות כשרות שלא כדין. במרכז הפרשה מקורב לכהן, דמות ידועה מהצפון, אשר על פי עדויות כהן כבר סייע לו בעבר כאשר הלה הסתבך בפרשיות כשרות קודמות.
כהן אף אישר על דעת עצמו להרחיב את מערך השוחטים הכשרים בחו"ל, בניגוד לעמדת הראשון לציון ולמרות שהרבנות הראשית נסמכת על מערך הכשרות של רבני חו"ל שמוזילה את התהליך. בעקבות האישור ללא הסמכות פסלו הרבנים הראשיים את הודעת כהן, דבר שהוביל לתביעה גדולה נגד הרבנות הראשית מצד חברת שיווק גדולה שקיבלה אישור מכהן ונאלצה לשנות את תוכניותיה. כהן עצמו סירב בזמנו להגיב לדברים החמורים שנחשפו בכתבה.
כנאמר כמכתבו של לוין (המכהן כשר הדתות במקום מיכאל מלכיאלי מש"ס שהתפטר בשל חוק הגיוס), ההחלטה להדיח את כהן התקבלה על פי בקשת הרב הראשי, קלמן בר, לאור משבר האמון החריף בין הרבנים הראשיים ובין המנכ"ל, הפוגע בעבודת הרבנות הראשית.