פסק הלכה נפיץ מאוד של הרב הראשי לישראל הרב קלמן בר: "הרבנות הצבאית טעתה הלכתית כשאישרה לחיילים לצאת לחופשות במהלך השבת. הוראה זו עלולה לפגוע במעמדה של השבת הציבורית ולפתוח פתח להרחבת היתרי חילול השבת מעבר לגבולות ההלכה".
במכתב שהוציא הרב הראשי הוא הדגיש כי הפסק של הרבנות הצבאית, שניתן כבר בתחילת המלחמה, ניתן תוך התבססות לקויה על מקורות ההלכה: "ההיתר האמור מעורר קושי הלכתי ועובדתי משמעותי, ואינו מיוסד כדבעי על מקורות ההלכה ובירור המציאות לאשורה".
לאור זאת, כותב הרב בר בסוף מכתבו כי "מן הראוי שמכאן ולהבא כל הוראה הלכתית כללית ותקדימית היוצאת מטעם הרבנות הצבאית, ובפרט כאשר יש בה משום חידוש או הרחבה של היתר חילול שבת, תובא תחילה לעיונם והכרעתם של גדולי התורה ופוסקי ההלכה המובהקים".
לצד זאת, מדגיש הרב הראשי כי דבריו נוגעים להנחיות הלכתיות כלליות, ולא למקרים נקודתיים בהם הסמכות והאחריות לפסוק הלכה נמצאת בידיהם של הרבנים הצבאיים.
